Principales commandes de Rasmol
S'informer... > show
Projet
Commandes de base
Explications et exemples
S'informer sur la molécule affichée Show information Présente dans command line quelques informations sur la molécule.
S'informer sur la séquence de la molécule Show sequence Présente la séquence d'une molécule : séquence de nucléotides pour un acide nucléique, séquence d'acides aminés pour un protéine.
Si la molécule contient plusieurs chaînes ou molécules distinctes, la séquence est détaillée par chaîne.
S'informer sur un atome, un acide aminé, une chaîne… Cliquer sur l'atome et lire la réponse dans le module Command line  
Sélectionner... > select
Projet
Commandes de base
Projet avancé
Commandes avancées
Explications et exemples
Sélectionner
toute la molécule		 select all
 
Sélectionner
des atomes par leur catégorie		 carbone select carbon Sélection de tous les atomes de carbone select *.C?

select *.C??

 Sélection des carbones notés CA, CB,

Sélection des carbones notés C5M…

oxygène select oxygen Sélection de tous les atomes d' oxygène select *.O?

select *.O??

 Sélection des oxygènes notés O1, O2…

Sélection des oxygènes notés O5*, O2P

azote select nitrogen Sélection de tous les atomes d'azote select *.N? Sélection des azotes notés N2, N4...
soufre select sulfur select *.s Sélection de tous les atomes de soufre
fer select iron select *.fe Sélection de tous les atomes de  fer
phosphore select phosphorus select *.p Sélection de tous les atomes de phosphore
Sélectionner
par leur numéro		 select atomno=120

Sélection de l'atome 120. Ce numéro d'atome est fourni dans commande line quand un clic est fait sur un atome.(Ex : O4* 120 = atome d'oxygène numéro 120)

Sélectionner
des nucléotides de l'ADN		 adénine select a Sélection des nucléotides à adénine
thymine select t Sélection des nucléotides à thymine
guanine select g Sélection des nucléotides à guanine
cytosine select c Sélection des nucléotides à cytosine
couple AT select at Sélection des couples Adénine-Thymine
couple CG select cg Sélection des couples Cytosine-Guanine
Sélectionner
des acides aminés d'une protéine		 par leur numéro select 1 Sélection de l'acide aminé numéro 1. Si la molécule possède plusieurs chaînes, tous les acides aminés 1 sont sélectionnés.
select 1-5 Sélection des acides aminés 1 à 5
select 1,4,10 Sélection des acides aminés 1, 4 et 10
par le type d'acide aminé select cys Sélection de toutes les cystéines
un acide aminé précis select pro10 Sélection de la proline 10 Commande utile pour réaliser un sélection sur une molécule à plusieurs chaînes.
par leurs propriétés select polar Sélection des acides aminés qui portent une charge électrique
select hydrophobic Sélection des acides aminés qui sont hydrophobes
select not hydrophobic Sélection des acides aminés qui ne sont pas hydrophobes (=hydrophiles)
Sélectionner la chaîne protéique d'une molécule select protein Ces commandes sont utiles pour une molécule montrant plusieurs chaînes comme une ribonucléase avec son substrat.
Sélectionner la chaîne nucléique d'une molécule select nucleic
Sélectionner une chaîne select *A Sélection de la chaîne A de la molécule. Faire un show séquence pour connaître les chaînes présentes
Sélectionner l'hème d'une globine select hem Sélection de tous les atomes de l'hème.
Sélectionner à l'aide d'opérateurs
Projet
Commandes avancées
Explications et exemples
et and select carbon and oxygen
Sélectionne tous les atomes de carbone et d'oxygène
non not select not nitrogen
Elimine les atomes d'azote de la sélection courante

et ne pas and not select carbon and not .C?
Sélectionne les atomes de carbone puis élimine les carbones notés CA, CB…
Colorer >> color ou colour
Projet
Commande
Couleurs
Explications et exemples
Couleurs color green
blue
greenblue
cyan
violet
orange
red
redorange
black
white
purple
magenta		 Cette commande colore les éléments sélectionnés avec la commande select.

Exemple : sélectionner toute la molécule et la colorier en blanc.
select all
color White

Sélectionner l'acide aminé 10 et le colorer en bleu
select 10
color blue

Couleurs par défaut color cpk Carbone : gris
Oxygène : rouge
Hydrogene : blanc
Azote : bleu-gris
Soufre : jaune
Phosphore : orange
Chlore : vert
Sodium : bleu
Fer : pourpre
Calcium,métaux : gris foncé		  
Modifier l'affichage à l'écran
Projet
Commande
Explications et exemples
zoom zoom 100 Le zoom 100 correspond à la taille par défaut.
Pour agrandir : mettre un nombre > 100
Pour diminuer : mettre un nombre < 100
Masquer des chaînes restrict *A La chaîne A est masquée. L'autre ou les autres chaînes restent affichées.
Pour afficher les chaînes  masquées, saisir :
select all
Choisir un mode de visualisation dans le menu display
Mode de visualisation en fil de fer Opérations à réaliser avec le menu Display

wireframe 10

Modifie l'épaisseur des liaisons.
10 : liaisons fines
100 : liaisons épaisses. Correspond à la commande sticks du menu Display.

en sphères spacefill 100 Modifie la taille des sphères
10 : petite taille
100 : taille qui correspond à la commande Ball & Sticks du menu Display
400 : taille obtenue avec la commande spacefill
Ball & Stick wireframe 50
spacefill 120		 Equivalent de la commande Ball&Stick du menu Display
Montrer masquer des liaisons liaisons hydrogène hbonds on
hbonds off		 Montre les liaisons hydrogène
Masque les liaisons hydrogène
liaisons soufre ssbonds on
ssbonds off		 Montre les ponts disulfures
Masque les  ponts disulfures
Modifier les liaisons la couleur color hbonds green
color ssbonds yellow		 Les liaisons hydrogène apparaissent en vert
Les ponts soufre apparaissent en jaune
l'épaisseur ssbonds 50
hbonds 10		 La liaison S-S prend une épaisseur 50
La liaison hydrogène prend une épaisseur 10
Faire tourner les molécules Faire tourner avec la souris
clic gauche : rotation X-Y
clic droit : translation
clic droit + majuscule enfoncée :rotation X-Z 		rotate y 90 Rotation de la molécule selon l'axe des Y de 90 °
rotate x 20 Rotation de la molécule selon l'axe des X de 20 °
rotate z 50 Rotation de la molécule selon l'axe des Z de 50 °
Afficher dans le module command line  & Scripts
Projet
Commandes
Explications et exemples
Afficher une instruction echo echo Comment expliquer la disposition ?
La question est affichée dans le module command Line. Cette commande est utile pour la réalisation de scripts
Stopper le déroulement d'un script pause

echo Comment expliquer la disposition ?
pause
Le script s'arrête. Il faut appuyer sur la barre espace pour continuer. Utile pour réaliser un questionnaire sans un script.

Lancer un script script adnsec.scr Le script ADNSEC.scr est lancé.
Remarque : le fichier ADNSEC.scr doit être placé dans le même dossier que Raswin.exe
Afficher une molécule load "ADN.pdb" La molécule doit  être placée dans le même dossier que Raswin.exe.
 
Télécharger le document imprimable au format rtf : Commande.zip 12 ko

 

Académie de Poitiers
Courrier électronique : mailto:svt.enligne@ac-poitiers.fr		 Dernière mise à jour : 02/07/01